안녕하세요. 김건우 행정사입니다.
연구개발전담부서는 연구전담요원 1명 이상, 독립된 연구공간과 연구기자재를 확보한 뒤 기업부설연구소·전담부서 신고관리시스템을 통해 온라인으로 신청합니다. 먼저 요건을 갖춘 후 신고하는 선설립·후신고 방식입니다
1. 연구개발전담부서란 무엇인가요?
연구개발전담부서는 기업 내부에 설치하여 신제품, 신기술, 제조공정, 소프트웨어 또는 서비스 전달체계 등을 연구하는 전담조직입니다.
2026년 2월 1일부터는 별도로 제정된 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」을 중심으로 인정과 사후관리가 이루어지고 있습니다. 연구개발활동에는 새로운 제품이나 공정을 개발하기 위한 시험제품 설계·제작, 시험과 사업화 이전 단계의 체계적인 연구활동 등이 포함됩니다.
단순한 영업자료 작성, 일상적인 품질검사, 기존 제품의 반복생산이나 홈페이지 유지보수만으로는 연구개발활동으로 인정받기 어렵습니다. 현재 기업이 실제로 해결하려는 기술문제와 연구과제가 무엇인지를 구체적으로 정리해야 합니다.
2. 기업부설연구소와 어떤 차이가 있나요?
가장 큰 차이는 연구전담요원의 최소인원입니다.
연구개발전담부서는 기업 규모와 관계없이 원칙적으로 연구전담요원 1명 이상이 필요합니다. 반면 기업부설연구소는 벤처기업 2명, 소기업 3명, 중기업 5명 이상 등 기업 유형에 따라 더 많은 연구인력이 필요합니다.
따라서 연구인력이 많지 않은 초기기업은 먼저 전담부서로 시작하고, 인력이 확충되면 기업부설연구소로 전환하는 방식을 검토할 수 있습니다.
다만 일부 정부지원사업이나 전문연구요원 제도는 기업부설연구소만을 대상으로 하거나 전담부서를 제외하기도 하므로, 어떤 지원사업을 목표로 하는지에 따라 처음부터 연구소 설립이 유리할 수도 있습니다.
3. 연구전담요원 인적요건
3-1. 학위에 따른 자격
일반적으로 자연과학·공학·농학·의학 등 자연계 분야 학사 이상의 학위를 가진 사람은 연구전담요원으로 인정받을 수 있습니다.
중소기업은 자연계 전문학사 학위와 일정한 연구개발 경력을 갖춘 사람도 가능합니다. 2년제 전문학사는 2년 이상, 3년제 전문학사는 1년 이상의 연구개발 경력이 필요합니다.
3-2. 국가기술자격에 따른 자격
국가기술자격법상 기술·기능 분야 기사 이상 자격자도 연구전담요원이 될 수 있습니다.
중소기업은 산업기사 자격과 2년 이상의 연구경력, 기능사 자격과 4년 이상의 연구경력이 있다면 인정 가능성을 검토할 수 있습니다.
3-3. 디자인·서비스 분야의 예외
산업디자인이나 일정한 서비스 분야를 연구하는 경우에는 연구내용에 따라 비자연계 학위도 인정될 수 있습니다. 따라서 학과 이름만 보고 판단하지 말고 회사 업종, 연구분야와 담당자의 전공을 함께 비교해야 합니다.
연구전담요원은 연구개발업무에 전념해야 합니다. 영업, 생산, 구매, 경리 등 다른 업무를 상시 수행하거나 다른 회사에 이중으로 재직하고 있다면 문제가 될 수 있습니다.
4. 연구공간과 물적요건
연구개발전담부서는 실제로 연구할 수 있는 독립된 연구공간과 연구기자재를 확보해야 합니다.
원칙적으로 연구공간은 고정된 벽체와 별도의 출입문을 통해 다른 부서와 구분되어야 합니다. 연구실 안에는 연구전담요원의 좌석과 컴퓨터, 시험·측정장비 등 연구과제를 수행하는 데 필요한 기자재가 배치되어야 합니다.
다만 중소기업, 벤처기업 등의 연구공간이 50㎡ 이하인 경우에는 파티션, 책장 또는 일정한 이격거리로 다른 부서와 구분하는 예외가 인정될 수 있습니다. 이 경우에도 연구원 자리와 연구공간이 명확하게 식별되어야 합니다.
신고할 때는 평면도와 내부사진을 함께 제출하므로, 도면에 표시한 출입문·책상·기자재 위치가 실제 사진과 일치해야 합니다.
5. 연구개발전담부서 설립 절차
5-1. 연구과제를 결정합니다
회사가 개발하려는 제품, 기술, 공정 또는 프로그램을 정하고 기존 제품과 어떤 차이가 있는지 정리합니다.
5-2. 연구전담요원을 검토합니다
학위증명서, 자격증과 경력증명서를 확인하여 연구전담요원 자격이 있는지 검토합니다.
5-3. 연구공간을 설치합니다
연구실을 다른 부서와 구분하고, 연구원 좌석과 연구기자재를 배치한 뒤 전담부서 명칭이 표시된 현판을 설치합니다.
5-4. 온라인으로 설립신고합니다
신고관리시스템에서 기업정보, 연구개발인력, 연구과제와 연구기자재를 입력하고 관련 자료를 제출합니다.
5-5. 보완 후 인정서를 발급받습니다
설립신고의 법정 처리기간은 10일 이내입니다. 다만 도면, 인력자격이나 연구내용에 대한 보완기간은 처리기간에서 제외되므로 실제 발급기간은 더 길어질 수 있습니다. 인정이 완료되면 인정서를 온라인으로 출력할 수 있습니다.
6. 신청할 때 필요한 서류
기본적으로 다음 자료를 준비합니다.
- 연구개발전담부서 인정 신청서
- 연구개발활동개요서
- 연구기자재현황
- 연구개발인력현황
- 기업 조직도
- 전담부서 평면도
- 연구공간 내부사진
- 출입문과 현판사진
- 사업자등록증
- 중소기업확인서 등 기업유형 증빙자료
- 연구전담요원의 학위증명서 또는 자격증
- 필요한 경우 연구개발 경력증명서
- 4대 사회보험 사업장 가입자명부
공식 신고서류에는 인정신청서, 연구개발활동개요서, 연구기자재현황과 연구개발인력현황이 포함되며, 도면과 사진을 통해 연구공간과 인력배치가 실제 현장과 일치하는지도 확인합니다.
7. 인정 후 받을 수 있는 혜택
연구개발전담부서를 인정받은 기업은 요건을 충족하는 경우 연구·인력개발비 세액공제, 연구인력 지원사업과 각종 기술개발 지원사업을 검토할 수 있습니다.
중소기업의 일반 연구·인력개발비 세액공제는 총액발생기준에 따라 당해연도 적격 연구개발비의 25%가 적용될 수 있습니다. 다만 인정서를 발급받았다는 사실만으로 모든 인건비와 비용이 자동 공제되는 것은 아닙니다. 연구과제총괄표, 연구개발계획서와 연구보고서 등 증빙자료를 작성하고 보관해야 합니다.
특히 행정업무만 담당하는 직원, 연구와 무관한 원재료비 또는 생산설비 비용은 세액공제 대상에서 제외될 수 있으므로 연구비와 일반 사업비를 구분해 관리해야 합니다.
8. 자주 발생하는 반려·보완사유
첫째, 연구내용이 일반적인 생산이나 영업활동으로 작성된 경우입니다.
무엇을 새롭게 개발하고 어떤 기술적 문제를 해결할 것인지 구체적으로 작성해야 합니다.
둘째, 연구전담요원의 전공이나 경력이 연구분야와 맞지 않는 경우입니다.
특히 전문학사, 산업기사와 기능사 자격자는 경력증명서의 담당업무가 중요합니다.
셋째, 평면도와 내부사진이 일치하지 않는 경우입니다.
도면에는 연구실 면적, 출입문, 연구원 자리와 연구기자재 위치를 정확하게 표시해야 합니다.
넷째, 연구원에게 영업이나 생산업무를 함께 맡기는 경우입니다.
조직도, 업무분장표와 실제 근무내용이 서로 다르면 현장확인 과정에서 문제가 될 수 있습니다.
다섯째, 인정 후 변경신고를 하지 않는 경우입니다.
연구원의 입·퇴사, 연구공간 이전, 전담부서 명칭 변경 등 주요 변동사항이 발생하면 정해진 기간 안에 변경신고해야 합니다. 또한 인정기업은 매년 연구개발활동조사표를 제출해야 합니다.
9. 자주 묻는 질문
9-1. 직원 한 명만 있어도 연구개발전담부서를 만들 수 있나요?
자격을 갖춘 연구전담요원 1명 이상과 연구공간을 확보하면 신청할 수 있습니다. 다만 대표자 혼자 운영하는 기업이나 겸직이 있는 경우에는 상시 연구전담 가능 여부를 별도로 검토해야 합니다.
9-2. 제조업이 아니어도 신청할 수 있나요?
소프트웨어 개발, 정보서비스, 산업디자인 등 서비스 분야도 실제 연구개발활동이 있다면 신청할 수 있습니다. 업종명보다 연구과제의 내용과 연구원의 자격이 중요합니다.
9-3. 별도의 연구실이 반드시 필요한가요?
원칙적으로 독립된 연구공간이 필요합니다. 다만 일정한 중소기업 등의 50㎡ 이하 공간은 파티션이나 책장 등으로 구분하는 방식이 허용될 수 있습니다.
9-4. 인정서를 받으면 세액공제가 자동으로 적용되나요?
자동으로 적용되는 것은 아닙니다. 실제 연구개발에 사용된 적격 비용을 구분하고 연구계획서, 보고서와 비용증빙을 갖춰 세무신고 때 신청해야 합니다.
9-5. 설립신고 전에 연구비도 공제받을 수 있나요?
전담부서로 인정받기 전에 발생한 비용은 세액공제 적용이 어려울 수 있으므로, 연구개발비가 본격적으로 발생하기 전에 인정 절차를 진행하는 것이 안전합니다
자세한 내용은 의뢰인 상황에 따라 다를 수 있으니 상담을 통해서 초기검토를 받아보세요! 상담이나 초기검토는 무료입니다.
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